Χωρίς προστασία παραμένουν οι τέσσερις λίμνες του οροπεδίου του Αμυνταίου, παρότι έχουν ενταχθεί στο δίκτυο NATURA 2000 ως Ζώνες Ειδικής Προστασίας και Τόποι Κοινοτικής Σημασίας. Συγκεκριμένα:
Τα δεινά της οριοθέτησης της λίμνης Παμβώτιδας και την προσπάθεια οικοπεδοποίησης της,  αναδεικνύουν οι Οικολόγοι  Πράσινοι με ερώτηση του Μιχάλη Τρεμόπουλου στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. Με την ίδια ερώτηση αναδεικνύεται και η διασπάθιση 3 εκατομμυρίων ευρώ από ευρωπαϊκά περιβαλλοντικά κονδύλια, για ψευδεπίγραφο έργο ποδηλατοδρόμου που σχεδιάστηκε με στόχο να αλλοιώσει την οριοθέτηση της λίμνης.

Η λίμνη των Ιωαννίνων αποτελεί εδώ και χρόνια πεδίο μικροκομματικών συμφερόντων και εξυπηρετήσεων, με τους τοπικούς πολιτικούς άρχοντες να πρωταγωνιστούν και σήμερα, όπως και οι προκάτοχοί τους εδώ και δεκαετίες, στην προσπάθεια συρρίκνωσης, υποβάθμισης και τσιμεντοποίησης της παρόχθιας ζώνης της.

Απάντηση του Επιτρόπου Περιβάλλοντος σε ερώτηση του Μιχ. Τρεμόπουλου

Εξηγήσεις θα ζητήσει η Κομισιόν για τη διασυνοριακή ποτάμια ρύπανση

Πληροφορίες και εξηγήσεις από τις βουλγαρικές αρχές θα ζητήσει η Κομισιόν για τη ρύπανση της λεκάνης απορροής του Έβρου στη Βουλγαρία και ιδιαίτερα των παραποτάμων Chepelarska, Topolnitsa και Medetska, στα πλαίσια της εφαρμογής της οδηγίας πλαίσιο για τα νερά, και ενδεχομένως να προβεί σε λήψη μέτρων.